Das Augustiner Chorherrenmuseum in Markt Indersdorf ist das einzige Museum, das sich dem spezifischen Thema der Augustiner Chorherren in einer Dauerausstellung annimmt. Sie haben über viele Jahrhunderte das Dachauer Land - in seelsorgerischer, kultureller sowie wissenschaftlicher Hinsicht geprägt. In dem früheren Mesnerhaus und dem angrenzenden nördlichen Torturm, die Teil der Klosteranlage waren und heute unter Denkmalschutz stehen, befindet sich nun das Augustiner Chorherren Museum. In der Ausstellung  wird die Ordensgeschichte erläutert und auf die kulturellen und wissenschaftlichen Leistungen der Augustiner Chorherren eingegangen.

Der wechselvollen Nutzung des Klosters nach der Aufhebung des Stifts im 18. Jahrhundert ist ein eigener Themenbereich gewidmet. So erläutern Bilder und Dokumente das Wirken der Salesianerinnen und Barmherzigen Schwestern. Darüberhinaus ist  auch die "unbequeme" Kriegs- und Nachkriegszeit dargestellt, als die Nationalsozialisten das Kloster zur Zwangsfürsorge für  Kinder und Jugendliche heranzogen und danach folgend, als es von der UNRRA als D.P. Camp genutzt wurde.

Das Augustiner Chorherren Museum wurde im Oktober 2014 eröffnet und wird ehrenamtlich geführt. Das Museum ist einzigartig in der bayerischen Museumslandschaft, deshalb wurde es auch im Jahr 2015 mit dem Bayerischen Museumspreis, den die Kulturstiftung der Versicherungskammer auslobt, ausgezeichnet.